კათოლიკური ეკლესიის ისტორია იწყება იმ დროიდან, როდესაც ქრისტიანობა ჯერ კიდევ იატაკქვეშეთში არსებობდა. IV საუკუნეში, მას შემდეგ რაც მილანის ედიქტი გამოიცა და ქრისტიანებს თავისუფლება მიენიჭათ, რელიგიამ სწრაფად დაიწყო გავრცელება რომის იმპერია-ში. იმ დროს ვერავინ წარმოიდგენდა, რომ მომავალში ეკლესია ორ დიდ მიმართულებად — დასავლურ და აღმოსავლურ ტრადიციებად გაიყოფოდა.

IV საუკუნის ბოლოსთვის ქრისტიანული სწავლება ჯერ კიდევ ფორმირების პროცესში იყო. მხოლოდ 381 წელს, კონსტანტინოპოლის პირველი საეკლესიო კრება-ზე ჩამოყალიბდა რწმენის ძირითადი სიმბოლო. მიუხედავად ამისა, სხვადასხვა რეგიონში ეკლესიები უკვე განსხვავებული ტრადიციებითა და შეხედულებებით არსებობდნენ.

ამ განსხვავებებს მნიშვნელოვნად განსაზღვრავდა თავად იმპერიის ბედი. დასავლეთ რომის იმპერია V საუკუნეში დაიშალა და მრავალი სუსტი სახელმწიფო ჩამოყალიბდა. აღმოსავლეთში კი იმპერია კიდევ თითქმის ათასი წელი გაგრძელდა, რომელსაც დღეს ბიზანტიის იმპერია-ს უწოდებენ. სწორედ ამ განსხვავებულმა პოლიტიკურმა რეალობამ განსაზღვრა ეკლესიების განვითარებაც.

აღმოსავლეთში ეკლესია მჭიდროდ იყო დაკავშირებული იმპერატორთან — პატრიარქებს ხშირად უწევდათ ანგარიშის გაწევა საერო ხელისუფლებისთვის. დასავლეთში კი, პირიქით, სახელმწიფოს სისუსტის ფონზე ეკლესია ევროპის მცხოვრებლების მთავარი გამაერთიანებელი ძალა გახდა. სწორედ ამ გარემოებამ გააძლიერა რომის ეპისკოპოსის — პაპის — როლი.

თავდაპირველად პაპის ძალაუფლება ძირითადად სულიერი იყო, თუმცა დროთა განმავლობაში ის პოლიტიკურ ძალადაც გადაიქცა. მნიშვნელოვანი გარდატეხა მოხდა მაშინ, როცა ფრანკთა მეფემ პიპინ მოკლე ეკლესიას მიწები გადასცა (所谓 „პიპინის დონაცია“). მოგვიანებით მისი შვილი, კარლოს დიდი, პაპმა იმპერატორად აკურთხა (800 წელი), რითაც ეკლესიასა და სამეფო ხელისუფლებას შორის მჭიდრო კავშირი ჩამოყალიბდა.

XI–XII საუკუნეებში კათოლიკური ეკლესია ძლიერების პიკს აღწევს. პაპები არა მხოლოდ სულიერ ცხოვრებას არეგულირებდნენ, არამედ აქტიურად ერეოდნენ პოლიტიკაში, აცხადებდნენ ჯვაროსნულ ომებს და დიდ ეკონომიკურ ძალაუფლებას ფლობდნენ. ამავე პერიოდში იწყება მათი დაპირისპირება წმინდა რომის იმპერია-ის იმპერატორებთან — ბრძოლა ევროპაში უზენაესი ძალაუფლებისთვის (ე.წ. ინვესტიტურის ბრძოლა).

ეს კონფლიქტი ხშირად ღია დაპირისპირებაში გადადიოდა. პაპები იყენებდნენ ძლიერ ინსტრუმენტს — ინტერდიქტს, რაც ნიშნავდა მმართველის ან მთელი ქვეყნის ეკლესიური ცხოვრებიდან გამოთიშვას. იმპერატორები კი პასუხობდნენ სამხედრო ძალით.

XIV საუკუნეში ეკლესია კვლავ ძლიერ და მდიდარ ინსტიტუტად რჩებოდა, თუმცა შიდა კრიზისები უკვე აშკარა იყო — ჩნდებოდნენ პაპები და ანტიპაპები (ე.წ. დასავლეთის განხეთქილება). ამავე დროს ევროპაში ძლიერდებოდა მონარქიული ხელისუფლება.

მნიშვნელოვანი ეტაპი იყო ე.წ. ავინიონის პერიოდი, როდესაც ფრანგმა მეფემ ფილიპე IV ლამაზი მიაღწია იმას, რომ 1309 წელს პაპის რეზიდენცია ავინიონში გადავიდა. ავინიონის პაპობა თითქმის 70 წელი გაგრძელდა და პაპობა მნიშვნელოვნად დამოკიდებული გახდა საფრანგეთის მონარქიაზე.

პაპების რომში დაბრუნების შემდეგ ევროპა უკვე შეცვლილი იყო. იწყებოდა აღორძინება — ახალი აზროვნება, მეცნიერების განვითარება და ინდივიდუალური თავისუფლების გაძლიერება. ეკლესიის სიმდიდრე და ფუფუნება კი ხშირად კრიტიკის მიზეზი ხდებოდა.

XVI საუკუნეში ეს უკმაყოფილება გადაიზარდა დიდ რელიგიურ მოძრაობაში — რეფორმაცია-ში. მარტინ ლუთერი-ისა და ჟან კალვინი-ის იდეებმა კათოლიკური ეკლესიის ერთიანობას სერიოზული გამოწვევა შეუქმნა.

ამ დროიდან ეკლესია მუდმივად იცავდა საკუთარ პოზიციებს — როგორც რელიგიური კონკურენციის, ისე მეცნიერებისა და სეკულარული აზროვნების ზრდის პირობებში. მიუხედავად იმისა, რომ დღეს კათოლიკური ეკლესიის პოლიტიკური გავლენა მნიშვნელოვნად შემცირებულია, რომის პაპი კვლავ რჩება ერთ-ერთ ყველაზე გავლენიან სულიერ ლიდერად მსოფლიოში, რომლის სიტყვაც მილიონობით მორწმუნისთვის ავტორიტეტულია.